在金税稽核系统比对中，对出现的“作废发票抵扣联”，稽核系统是按有问题发票抵扣方所在地的税务机关进行传输，所在地税务部门也基本上是采取对发票的抵扣方进行补税和课征滞纳金的做法，笔者认为此举治标不治本，且有失税务机关的法治、公平形象。　出现将作废发票抵扣联认证信息传入到稽核系统的原因，大部分是因为开票方纳税人的误操作造成的，待开票方发现已为时已晚，购货方纳税人已将发票进行了认证，并且认证数据已经传入稽核系统中去。其后果有以下几点'　一是给稽查工作带来不便，稽查部门在对此情况进行检查时，由于工作量大，不但耗费了大量的时间和精力，而且，常常是做无效的工作。因为稽核系统将“作废发票抵扣联”信息返回，需要一定的时间，往往在稽查部门对购货方纳税人进行检查时，企业可能已将进项税转出，这样势必会给稽查部门的工作带来诸多不便。二是稽查工作抓不到重点。因为查证开票方是否计收入，即是对开票方纳税人出现开具作废发票行为定性的关键，也是鉴定增值税链条是否出现断裂的关键。假如作废发票是由于开票方误操作造成的，那么开票方就应当做销售收入的帐务处理。这样从增值税链条的角度上来看，链条并没有断。如果未做帐务处理的话，便说明开票方是在已知发票作废的情况下，将已作废的发票抵扣联交于购货方抵扣税款，此行为如果造成开票方纳税人少缴税款的话，便可按偷税行为进行处理　三是对接收方纳税人的处理有失公正。因为对购货方而言，双方的购销业务都是真实的，接受的专用发票也是真实的，应该说购货方理应在此时点上对所购货物的进项税进行抵扣，只是因为销货方的误操作，而使购货方所取得的抵扣联已失去其抵扣的法律效力，购货方在不知情的情况下，对已作废的发票进行了抵扣，这种情况有别于接受假票和虚开发票　笔者建议：按发票开具方纳税人所在地税务机关进行传输，是解决“作废发票抵扣联”问题根源的一种客观做法，即有利于税务部门的管理，还能更好地防范在稽核系统中出现“作废发票抵扣联”现象。